MCQST bringt zwei Universitäten (LMU, TUM), zwei Forschungseinrichtungen (MPQ, WMI) und das Deutsche Museum (DM) als Kerninstitutionen des Clusters zusammen. Die Partner bieten ein breites Fachwissen in verschiedenen Bereichen der Forschung, Technik und des öffentlichen Engagements, die sich gegenseitig ergänzen. Darüber hinaus tragen verschiedene Fakultäten und Abteilungen unterschiedlicher Institutionen zum MCQST bei. Heute ist die Forschung in der Quantenwissenschaft und -technologie zu einer interdisziplinären Anstrengung zwischen verschiedenen Bereichen der Wissenschaft und Technik geworden.